Twee van de vier sporen op het traject waren buiten dienst voor werkzaamheden. Volgens het feitenoverzicht heeft de aannemer om 03:23 uur aan de treindienstleider van ProRail gevraagd om het treinverkeer een korte periode stil te leggen. Zo zou de kraan het spoor veilig kunnen oversteken. Volgens ProRail is de kraanmachinist echter binnen dat tijdsbestek in de buurt van het spoor gekomen. Het is niet duidelijk waarom, maar vast staat wel dat de treindienstleider er nog niet klaar voor was. “De benodigde buitendienstregeling was nog niet gerealiseerd,” zo valt te lezen in het document.
Door de te vroege aanwezigheid botste een goederentrein op de spoorkraan. De kraanmachinist uit Beringe,
een 65-jarige medewerker van bouwbedrijf BAM, kwam daarbij om het leven. Een intercity-trein van NS kwam niet veel later in botsing met brokstukken van de kraan, ontspoorde en kwam in een naastgelegen weiland terecht. Door het ongeluk ligt al het treinverkeer tussen Leiden en Den Haag tot zeker 18 april plat.
